De forma nativa (que yo sepa) Windows Server no ofrece la posibilidad de configurar múltiples VLAN por interfaz de red. Esto nos obliga a recurrir a las utilidades que el fabricante del dispositivo de red nos facilite.
Broadcom por ejemplo nos ofrece la utilidad «Broadcom Advanced Control Suite» que nos permite, además de crear VLANs virtuales, hacer balanceo de carga o Ethernet bonding. Podéis leer la guía de utilización en este enlace y descargar la suite desde el sitio web de Broadcom. Por supuesto se presupone que la configuración de red en los switches para las VLAN (trunk, etc) es la correcta. En el caso de esta utilidad, todo se puede configurar a través de los asistentes de forma gráfica y/o en modo experto así que no tiene demasiada complejidad.
Básicamente, primero se crea un Team, se le asignan las intefaces de red que queramos y a partir de ahí se configuran las VLAN virtuales, el balanceo de carga o lo que necesitemos. Una vez finalizado el asistente, si hemos creado VLAN virtuales, los nuevos dispositivos virtuales aparecerán en el centro de redes de Windows, donde podremos asignarle la IP correspondiente como si un dispositivo estándar se tratara.
Si necesitáis este tipo de configuraciones no perdáis el tiempo e id a buscar directamente las utilidades del proveedor de las tarjetas de red.