Últimamente he encontrado un par de casos en los cuales tras recompilar apache y php el paso de variables por POST no funcionaba, siendo que con una configuración estandar de php y sin ningún módulo añadido debería funcionar sin problemas.
Descartando desde un principio que se tratara de un fallo de variables globales (register_globals) dí con el fallo. Al parecer el módulo Mod Bandwidth estaba generando problemas. La solución pasa simplemente por comentar la carga de dicho módulo en nuestro httpd.conf:
#LoadModule bandwidth_module libexec/mod_bandwidth.so
Después, reiniciamos apache y todo solucionado.