Para quienes no lo sepan (yo no lo sabía), Scientific Linux 6 trae activado por defecto yum-autoupdate para instalar regularmente y de forma automatizada actualizaciones de sistema. Por defecto, toda la configuración se establece en el fichero de configuración /etc/sysconfig/yum-autoupdate.
Si queremos desactivarlo, podemos simplemente desinstalarlo o deshabilitarlo desde dicho fichero. Para ello marcamos la variable ENABLED como false:
ENABLED=false
Si queremos tenerlo activo pero necesitamos bloquear la actualización de ciertos paquetes, podemos hacerlo modificando la variable EXCLUDE, la cual ya debería estar excluyendo paquetes críticos como el kernel:
EXCLUDE="kernel*"