Warning: Your privilege table structure seems to be older than this MySQL version! Please run the script mysql_fix_privilege_tables that should be included in your MySQL server distribution to solve this problem!
Si encuentras este Warning en un servidor MySQL 5, indica que es necesario aumentar la versión de las tablas de privilegios de la base de datos MySQL, seguramente debido a que has actualizado de la versión 4 a la 5.
En la propia web de MySQL indican lo siguiente:
MySQL 5.0 introduce una serie de cambios en la estructura de las tablas de permisos (las tablas en la base de datos mysql) a fin de agregar nuevos privilegios y características. Las tablas de permisos también deben actualizrse cuando se efectúa la actualización a MySQL 5.0. En primer lugar debe hacerse una copia de respaldo de la base de datos mysql, y luego emplear el siguiente procedimiento.
Solución en sistemas Unix:
En Unix o sistemas similares, se deben actualizar las tablas de permisos mediante la ejecución del script mysql_fix_privilege_tables:
shell> mysql_fix_privilege_tables
Se debe ejecutar este script mientras el servidor está en ejecución. Intenta conectarse como root al servidor en localhost. Si la cuenta root requiere una contraseña, la misma debe indicarse en la línea de comandos. Para MySQL 5.0 la contraseña se indica de este modo:
shell> mysql_fix_privilege_tables --password=root_password
Tras ejecutar el script, el servidor mysql debe ser detenido y reiniciado.
Solución en sistemas Windows:
MySQL 5.0 para Windows incluye un script SQL llamado mysql_fix_privilege_tables.sql que puede ejecutarse empleando el cliente mysql. Si la instalación de MySQL está ubicada en C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0, el comando se vería así:
C:\> C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\bin\mysql -u root -p mysql
mysql> use mysql; mysql> SOURCE C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.0/scripts/mysql_fix_privilege_tables.sql
Si la instalación se localizara en cualquier otro directorio, habrá que ajustar la ruta apropiadamente.
El comando mysql solicitará la contraseña para el usuario root; hay que ingresarla.
Al igual que en el procedimiento para Unix, se podrían observar algunas alertas Duplicate column name a medida que mysql procesa las sentencias en el script mysql_fix_privilege_tables.sql, pero pueden ignorarse.
Tras ejecutar el script, hay que detener y reiniciar el servidor.
Más información en el sitio oficial de MySQL.