Si acabáis de montar un servidor apache con suPHP y al tratar de ejecutar cualquier PHP el navegador muestra «Internal Server Error«, y el log de apache muestra «Premature end of script headers» lo más probable es que hayáis instalado la versión cliente (CLI) de php en vez de la versión CGI (php-cgi). Para solventar esto debéis copiar el binario de php CGI en donde se supone debe estar instalado el binario de php (donde vaya apache a buscarlo vamos).
En mi caso, en un servidor CentOS el binario php-cgi estaba aquí:
/usr/bin/php-cgi
Y apache utilizaba el binario de php-cliente:
/usr/bin/php
Bien, entonces he guardado un backup del cliente y he creado un enlace simbólico para que /usr/bin/php sea lo mismo que /usr/bin/php-cgi, podéis también sobreescribirlo, lo que queráis. Con este cambio el problema debería quedar solucionado.