En [shell-fu]$ he encontrado esta línea de comandos que puede ser de utilidad, renombra todos los ficheros de una determinada extensión a otra usando los comandos find y sed:
find -name "*.php3" | sed 's/\(.*\).php3$/mv "&" "\1.php"/' | sh
En este caso los que tienen extensión php3 a php. Podréis comprobar que lo primero que hace es buscar todos los ficheros cuya extensión sea php3, después con sed crea la sintaxis del comando para finalmente ejecutarlo con «sh».