Si utilizas Apache + FastCGI y no has modificado los parámetros por defecto de configuración de fasctcgi es probable que si intentas hacer upload de ciertos ficheros cuyo tamaño no sea muy pequeño recibas un error como este en el log:
[Tue Aug 30 12:05:13 2011] [warn] [client XX.XX.XXX.XX] mod_fcgid: HTTP request length 132147 (so far) exceeds MaxRequestLen (131072)
FastCGI está bloqueando la subida del fichero debido a su tamaño. Los límites iniciales de la directiva MaxRequestLen son muy bajos por defecto (131072), así que conviene ampliarlos para evitar este tipo de errores, por ejemplo a 15MB. Esta directiva la añadimos dentro del fichero php.conf (en la carpeta conf/ de apache) y sino dentro del IfModule correspondiente a fastcgi:
<IfModule mod_fcgid.c> MaxRequestLen 15728640 ... ... </IfModule>
Reiniciamos apache y listo. Hay que tener en cuenta que esto mismo puede suceder también en servidores con Lighttpd y FastCGI.