Tarde o temprano, ya sea por razones de seguridad o nuevas funcionalidades, es necesario actualizar la versión de Java JDK con la que se ejecuta la JVM de glassfish. En antiguas versiones, como por ejemplo Sun GlassFish Enterprise Server 2 creo recordar que se cambiaba directamente usando asadmin, algo tal que:
./bin/asadmin set "server.java-config.java-home=/opt/oracle/jdk..."
En la versión 3 de Glassfish, la versión de java a utilizar se almacena en la variable de entorno AS_JAVA dentro del archivo de configuración asenv.conf. Este archivo lo encontraréis dentro del directorio config/ en la home de glassfish. Simplemente, hay que actualizar el path del nuevo JAVA_HOME del JDK que queremos utilizar:
AS_JAVA=/opt/oracle/java8
No tiene por qué ser totalmente necesario, pero también es recomendable que reviséis dónde tenéis declarada la variable de entorno $JAVA_HOME y actualizarla con la nueva versión que hayáis instalado, ya sea en los perfiles de sesión de usuario, scripts, etc.
Una vez realizadas las modificaciones, al reiniciar Glassfish ya utilizará la nueva versión de JAVA.