En una instalación estándar de GitLab, por defecto cualquier usuario tiene permiso para crear grupos. Para deshabilitar esta opción, es necesario editar el archivo global de configuración /etc/gitlab/gitlab.rb y modificar a false el parámetro gitlab_rails['gitlab_default_can_create_group']:
gitlab_rails['gitlab_default_can_create_group'] = false
Una vez modificado, para aplicar los cambios es necesario ejecutar el comando de reconfiguración de gitlab y reiniciar el servicio (como root ambos):
# gitlab-ctl reconfigure # gitlab-ctl restart
En mi caso hice los cambios en una instalación basada en Omnibus, entiendo que en el resto será igual. Importante tener en cuenta que estos cambios no son retroactivos, cualquier usuario que ya tenga los permisos los seguirá manteniendo. Para modificar usuarios existentes, podéis utilizar la API o la consola de Rails.