Evidentemente existen muchas maneras de monitorizar MySQL, por ejemplo con cacti, MyTop, etc. No obstante he encontrado una aplicación propia de Sun/MySQL muy interesante, se trata de MySQL Query Analyzer.
Captura oreilly.com
Como se observa en la captura de pantalla, se trata de una interfaz web sobre la que podemos monitorizar y recolectar datos de los servidores MySQL que necesitemos, destaca la monitorización a tiempo real de queries en el servidor, rápida identificación de problemas en las queries, detalle de las queries y debug para solucionar y optimizar consultas mal construidas con explain. Por supuesto hay un historico de consultas, posibilidad de buscar, ordenar, etc.
Puedes descargarlo y encontrar más información en este enlace.
Excelente, estoy buscando algo para centralizar la monitorización de máquinas con MySQL, ando probando varias opciones Open Source y esta será una de ellas, a ver que tal.