InnoDB es una tecnología de almacenamiento de datos de fuente abierta para la base de datos MySQL, incluido como formato de tabla estándar en todas las distribuciones de MySQL AB a partir de las versiones 4.0. Su característica principal es que soporta transacciones de tipo ACID y bloqueo de registros e integridad referencial. InnoDB ofrece una fiabilidad y consistencia muy superior a MyISAM, la anterior tecnología de tablas de MySQL, si bien el mejor rendimiento de uno u otro formato dependerá de la aplicación específica.
Si el uso de bases de datos MySQL con tablas Innodb no está optimizado correctamente, puede suponer un problema para el funcionamiento y rendimiento general del servicio MySQL.
En primer lugar, si no deseas desactivar la opción de utilizar este tipo de tablas, recomiendo revisar el siguiente documento, que trata sobre como optimizar el uso de InnoDB en un servidor MySQL:
MySQL-Innodb-Performance-Optimization
Si por el contrario, deseas deshabilitarlas porque no utilizas este tipo de tablas, y deseas liberar la parte de memoria o disco que consumen (hay un gran debate sobre si realmente consume algo), simplemente añade lo siguiente a tu fichero de configuración MySQL (my.cnf):
skip-innodb
Reinicia el servicio MySQL y ya tendrás desactivado el uso de tablas InnoDB.