Es muchísimo más rápido cambiar la clave de acceso al panel de control/ftp de una cuenta en un servidor cPanel desde línea de comandos que accediendo al WHM, para hacerlo desde shell tenéis que ejecutar dos scripts:
/scripts/chpass usuario clave
/scripts/ftpupdate
Nota: La ejecución del segundo script sirve para sincronizar el nuevo password asignado con el servicio FTP, si no lo ejecutamos la clave se cambiará para el panel de control pero no para el servicio FTP.