Problema realmente extraño el que acabo de tener. Me he encontrado un servidor con el disco al 100%, y a los pocos minutos he descubierto que todo se debía a una cantidad brutal de core dumps dentro de la carpeta install de cpanel:
/usr/local/cpanel/install/core*
Los core dump, básicamente son provocados por fallos de una aplicación, ya sea por php, mysql, apache, etc. Pero estos claramente eran provocados por una de las aplicaciones del propio cPanel.
Investigando un poco los logs, destacaba claramente el log de la aplicación para prevenir los ataques de fuerza bruta cPanelHulk. Inmediatamente he procedido a la desactivación de esta aplicación desde el «Security Center» de cPanel. Por el momento los core dump han cesado.
No tengo problema en desactivar esta aplicación, pues dispongo de otras para prevenir los ataques de fuerza bruta, como BFD por ejemplo.
En principio ya está solucionado, si este no fuera el error seguiré informando.