Una entrada rápida para ayudar a aquellos que reciban este error (configure: error: libpng.(a|so) not found) a la hora de configurar la compilación de PHP en un servidor con arquitectura de 64 bits. El error aparecerá cuando añadimos el módulo de librerías GD a la compilación (--with-gd). Lo primero que tenemos que hacer es verificar que tenemos instalados los paquetes devel de libpng y libjpeg. Podéis instalarlos por apt o yum según la distribución:
$ yum install libpng-devel.x86_64 $ yum install libjpeg-devel.x86_64
Nota: quizás también sea necesario instalar el devel de GD, ahora no lo recuerdo.
Si pese a instalar estos paquetes seguís recibiendo el mismo error, probablemente es porque a la hora de hacer el configure no encuentra el lugar donde están las librerías (por ser de 64 bits). Entonces la solución será especificar que es un sistema de 64 bits y sus librerías con el parámetro --with-libdir=lib64
Quedaría algo así (+ los módulos que instaléis además de GD):
$ ./configure --with-gd --with-libdir=lib64