ntpdate es un comando que permite sincronizar la fecha y hora de nuestros sitemas con servidores de hora en Internet, para ciertas tareas es crítico que la hora del servidor sea la correcta, personalmente en algunas máquinas tengo configurado un cron que sincronice la hora diariamente:
05 01 * * * ntpdate hora.oxixares.com > /dev/null
Veréis que uso el servidor hora.oxixares.com, no obstante si buscáis en google encontraréis múltiples servidores disponibles para la sincronización.
Tened en cuenta que hay que tener instalado ntp para poder usar este comando, en servidores Debian y derivados se instala así:
apt-get install ntp apt-get -f install ntpdate
Y en red-hat y derivados:
yum install ntp.i386
En FreeBSD lo encontraréis en los puertos.
El fichero de configuración suele encontrarse en /etc/ntp.conf