Estas cosas normalmente nos pasan por toquitear de todo en el sistema ;) Ahora en serio, resulta que en Ubuntu, si desactivas en tu sesión el gestor de energía (gnome-power-manager), el cual yo pensaba que solamente era para los ordenadores portatiles o equipos con configuraciones de suspensión o hibernación, provocas este fallo, que el menú con las opciones de salir, logout, reiniciar, etc tarde un minuto o más en salir.

Para solucionarlo entonces accede a Sistema > Preferencias > Sesiones y activa  el gestor de energía (gnome-power-manager).